Szkoła Podstawowa Specjalna w Aleksandrowie Kujawskim została utworzona w 1986 roku na bazie oddziałów specjalnych funkcjonujących już od 1976 r. Siedzibą zarówno oddziałów specjalnych, jak i później szkoły specjalnej był budynek, w którym do dnia dzisiejszego funkcjonuje Szkoła Podstawowa Nr 1. Dyrektorem placówki do 1996 r. była Pani mgr Barbara Leoniak.
W styczniu 1996 r. w związku ze zmianą organu prowadzącego Szkołę Podstawową Nr 1 oraz koniecznością reorganizacji w zakresie nadzoru pedagogicznego i obsługi finansowej szkoły specjalnej, nastąpił rozdział placówek. Dyrektorem zarządzającym wyłącznie Szkołą Podstawową Specjalną została pracująca dotychczas na stanowisku wicedyrektora Pani Janina Kriegier. Od 01.09.1997 r. dyrektorem Szkoły Podstawowej Specjalnej Nr 4 w Aleksandrowie Kuj. w wyniku konkursu na to stanowisko wyłoniona została Pani mgr Ewa Wochna.
Reforma oświaty wprowadzona w 1999 r. spowodowała przekształcenie ośmioletniej szkoły podstawowej na szkołę sześcioletnią oraz utworzenie trzyletniego gimnazjum.
11.06.1999 r. nieruchomość stanowiąca filię Szkoły Podstawowej Nr 2 została przekazana na rzecz Starostwa Powiatowego w Aleksandrowie Kuj. na potrzeby szkół specjalnych. Zarząd Powiatu w Aleksandrowie Kuj. decyzją Nr 3/2000 z dnia 30 marca 2000 r. postanowił przekazać w trwały zarząd Dyrektorowi Szkoły Podstawowej Specjalnej Nr4 i Gimnazjum Specjalnego Nr 2 z siedzibą w Aleksandrowie Kuj. ul. Strażacka 22 nieruchomość położoną u zbiegu ulic: Strażacka i Graniczna na cele statutowe.
